在个人所得税综合所得汇算清缴过程中，纳税人常因疏忽或理解偏差导致申报数据有误，甚至在税务机关已完成扣款后才发现问题。此时，一个普遍的疑问是：税款已被扣缴，是否还能申请退还多缴的部分？根据我国现行税收法律法规，答案是肯定的。纳税人依法享有申请更正申报与退税的权利，但需遵循法定的程序与时限。
核心法律依据在于《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条的规定：“纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还。” 这一条款明确赋予了纳税人在特定期间内主张退税的法定权利，其适用前提是纳税人确实存在“超过应纳税额缴纳”的事实，而申报错误往往是导致这一结果的主要原因。
具体到操作层面，纳税人发现已扣款的申报有误后，应立即采取行动。第一步是通过“个人所得税”应用程序或前往办税服务厅办理更正申报。根据《国家税务总局关于办理个人所得税综合所得汇算清缴事项的公告》，纳税人在申报完成后，如果发现申报信息填写错误或存在漏报，可以主动进行更正或补充申报。更正后的应纳税额若小于已缴税额，系统将自动产生应退税额。税务机关会依法对退税申请进行审核。
值得注意的是，申请退税并非毫无限制。除了前述三年的权利行使期间外，纳税人的申请能否成功，关键在于能否提供充分、准确的证据材料来证明原申报错误及多缴税款的事实。这些材料可能包括但不限于：正确的收入证明、专项附加扣除信息、税收优惠资格凭证等。若因虚假申报被税务机关查处后补缴税款及滞纳金，则不属于可退税的“多缴税款”范畴。
整个退税流程需要经过税务机关的审核。审核要点包括更正申报的合规性、数据计算的准确性以及退税事由的真实性。审核通过后，退税款将退还至纳税人指定的本人银行账户。若审核中发现疑点，税务机关可能会要求纳税人进一步补充说明或提供佐证。纳税人在提交更正与退税申请时，确保材料的完整与真实至关重要。
实践中，常见错误类型包括重复计算收入、错误享受或漏报专项附加扣除、误用税率或速算扣除数等。对于因税务机关信息系统或工作人员失误造成的多扣款，纳税人同样有权要求退还。建议纳税人在完成申报后仔细核对各项数据与扣缴记录，留存好相关凭证，以便在发现问题时能够迅速有效地维权。
个税申报有误且已扣款，纳税人完全可以在法定期限内通过法定途径申请退税。这既是法律赋予纳税人的正当权利，也是税收公平原则的体现。纳税人应增强自身税务合规意识，在履行依法纳税义务的同时，也善于运用法律工具维护自身合法权益。遇到具体操作疑问时，咨询专业税务人士或直接向税务机关寻求指导是明智的选择。